Two proposals

[mecheverria]

1. Que Dropbox permita sincronizar varias carpetas por ordenador.
2. Que no haga falta que haya una carpeta Dropbox, sino que la carpeta en Dropbox y en el ordenador estén directamente enlazadas.

[Fernando]

Hola, @mecheverria:

¡Bienvenida a la Comunidad de Dropbox!

La aplicación de Dropbox necesita crear su propia carpeta para mantener el control sobre ella y poder aplicar los cambios que hagas en la cuenta a la carpeta y al contrario. Si la aplicación no tuviera su propia carpeta sino que sincronizase cualquier otra carpeta que se encontrase en el disco y que haya elegido el usuario, esto causaría infinidad de conflictos con el sistema operativo o con otras aplicaciones o funciones de la computadora. 

Como alternativa puedes crear accesos directos a las carpetas que pongas en Dropbox y así acceder a ellas de forma rápida y cómoda sin tener que ir buscándolas dentro de tu carpeta de Dropbox.

También puedes elegir que carpetas de tu cuenta se descargan a la carpeta de Dropbox mediante la sincronización selectiva. 

 ¡Espero que esta información te sea de utilidad!